En el primer semestre del 2025 en Guanajuato han sido identificadas dos fosas clandestinas, en promedio, cada 8 días. De acuerdo con datos de la Comisión Estatal de Búsqueda de Personas Desaparecidas, suman hasta el mes de junio 42 fosas localizadas.
El reporte detalla que estas se ubicaron en 11 municipios diferentes; sin embargo, Villagrán registra la mayoría con 16, le sigue León con 5, al igual que Yuriria con 5, y Salamanca documenta cuatro fosas, siendo las ciudades que encabezan la lista con el mayor número de fosas.

Sin embargo, hay casos como el de Juventino Rosas en donde solo documenta 3 fosas, pero en las labores de búsqueda han identificado 6 cuerpos y 17 indicios de individuos, de los cuales al menos 10 han sido localizados en la comunidad de La Tinaja.
Otros municipios con registro de fosas son Valle de Santiago con 3, San Francisco del Rincón con 2 y Tarimoro; Celaya, Irapuato y Uriangato reportan una fosa en cada ciudad.
En total, en estos seis meses se han localizado 25 cuerpos y se hallaron 80 indicios o restos humanos, de los cuales se desconoce el número de personas a los que pertenecen. A estas cifras se le suma el caso más reciente de una fosa clandestina localizada el 30 de julio en el municipio de Irapuato en la comunidad de ‘La Calera', y no se trata de cualquier fosa, sino de la segunda más grande del estado con la localización de 32 personas sin vida, de las cuales 15 personas han sido plenamente identificadas de forma legal y científica.
A decir de Fernando Escobar Ayala, investigador de la organización ‘Causa en Común', un caso como este implica una práctica sistemática de desaparición, una lógica profesional en el uso de estas técnicas de muerte, porque explicó que el hallazgo de fosas clandestinas agrupa una serie de delitos y violaciones a los derechos humanos, desde la desaparición hasta el asesinato de personas, y eso quiere decir que ya tenían tiempo operando en la zona y que incluso puede haber omisiones por parte de las autoridades.

Además, un hallazgo así de grande como este puede ser un indicio de un sistema de fosas y ante esto pone a prueba la capacidad de la Fiscalía y de las autoridades buscadoras para conducir los debidos procesos de investigación.
Guanajuato comparte factores con Sonora y Sinaloa, en donde hay grupos delictivos disputándose el territorio, lo que hace que este tipo de fosas pueda ser hasta un patrón o un sistema de fosas.
"Estamos ante un fenómeno muy complejo que me parece que lo que evidencia es el grado de atrocidad y de especialización de la violencia del que son capaces las organizaciones criminales (...) Este grado de especialización de la violencia no es exclusivo nada más de lo que en nuestro imaginario entendemos como los grandes cárteles de la violencia; es decir, organizaciones locales no necesariamente las más poderosas son propensas o capaces de cometer este tipo de atrocidades", señaló.
De acuerdo con el estudio ‘Galería del Horror, Atrocidades y eventos de alto impacto enero-junio 2025’, Guanajuato reportó solo 10 fosas clandestinas durante el primer semestre (ya que solo contabiliza datos dados a conocer por medios de comunicación) y en este análisis Guanajuato se ubica como el cuarto estado a nivel nacional con mayor número de fosas clandestinas del país este 2025, solo detrás de Sinaloa con 31 fosas, Jalisco con 14 y Sonora con 13.