A fines de 1993 comenzó la movilización del EZLN en las Cañadas, el Norte y los Altos de Chiapas. Altamirano, Chanal, Ocosingo, San Cristóbal y Las Margaritas cayeron durante la madrugada del 1 de enero de 1994. Más adelante, en el curso de la tarde, cayeron también Oxchuc, Huixtán, Simojovel, Larráinzar y muchas otras poblaciones de los Altos y del Norte. Un grupo de zapatistas tenía incluso presencia, según la prensa, en Chiapa de Corzo, a solo 16 kilómetros de Tuxtla. Los rostros de casi todos los combatientes estaban cubiertos con paliacates o pasamontañas.
Todas las cabeceras que tomaron en Año Nuevo permanecían aún en manos de los zapatistas el 2 de enero, con excepción de San Cristóbal. Eran necesarios unos cuantos hombres para controlarlas. En Chanal, los muros del atrio de la iglesia estaban pintados de rojo con sus consignas, muchas de ellas firmadas por la OCEZ. Alto a la represión en Chiapas, decían unas. Contra la privatización de los ejidos, añadían otras. El palacio municipal había quedado destrozado. Entre los vidrios de las ventanas, esparcidos por el suelo, había acuerdos de la comunidad, cuentas de la tesorería, actas de matrimonio, recibos del Fondo Estatal de Solidaridad… En Altamirano, al este de Chanal, los rebeldes, con marros y barretas, empezaban a demoler el palacio municipal. El piso superior estaba ya casi completamente destruido. La situación era similar en Ocosingo, donde los zapatistas terminaban de quemar el palacio municipal. Eran al parecer cientos de combatientes los que mantenían bajo control aquel poblado. Así lo supieron los jefes de la 31a Zona Militar, quienes acababan de ser atacados en el cuartel de Rancho Nuevo, esa madrugada, por las fuerzas del EZLN.
Las acciones de los insurgentes parecían exitosas en todas las cabeceras, menos en Las Margaritas. Ese día 2, antes de la una de la tarde, la XEVFS —Voz de la Frontera Sur— reinició sus transmisiones con la lectura, en tojolabal, de la Declaración de la Selva Lacandona. El objetivo de los zapatistas era recorrer los 18 kilómetros que faltaban para llegar a Comitán. Iban a ser encabezados por su jefe, el Subcomandante Pedro, un cuadro que había sido reclutado por las Fuerzas de Liberación Nacional en la Ciudad de México, que vivió después en el municipio de Macuspana, Tabasco, donde trabajó como chofer de Pemex y que sería con los años uno de los guerrilleros que primero llegaron a la selva. El Subcomandante Pedro tenía su cuartel en la bodega de la Unión de Ejidos de la selva, en Las Margaritas. Aquella tarde, Pedro salió con algunos de sus hombres al Parque Central. Al llegar al centro del poblado, un individuo que nadie vio, oculto tras un vehículo, le disparó con su revólver a la cabeza. Pedro murió al instante. El Subcomandante Marcos, informado de la noticia, terrible para él, ordenó por radio la retirada de sus hombres, que salieron en desconcierto de Las Margaritas, sin tiempo de quemar el palacio municipal. Ese día 2 supo también que un contingente muy numeroso de zapatistas había sido cercado por el Ejército en el mercado de Ocosingo.
Los días pasaron, el estallido continuó en Chiapas. El 4 de enero, unos guerrilleros capturados en Oxchuc, al este de San Cristóbal, fueron golpeados con varillas y después atados de pies y manos al barandal del kiosco de la plaza. Uno de ellos era José Pérez, campesino de veinticuatro años que pertenecía a las milicias del EZLN. Acababa de llegar a la ciudad por orden de su mando, quien suponía que los zapatistas tenían aún el control de la plaza. “Cuando vi a estos hermanos pensé que eran compañeros”, dijo, “pero resultó que no, y entre quince de ellos nos apalearon con varillas de la construcción”. Estaba sangrando y temblando de frío y de miedo. ¿Por qué luchaba? ¿Cuáles eran sus ideales? “Quiero que haya democracia, que ya no haya desigualdad”, dijo José Pérez. “Yo busco una vida digna, la liberación, así como dice Dios”. En sus palabras quedaba plasmado lo más noble de la rebelión de Chiapas. Las causas que generaron esa rebelión no fueron nunca cuestionadas por el grueso de los mexicanos. Eran justas, eran reales. Así lo proclamaron las marchas que sacudieron al país, encabezadas por miles de personas, mismas que contribuyeron a forzar la tregua con los insurgentes. El 12 de enero, el presidente Salinas anunció su decisión de “suspender toda iniciativa de fuego en el estado de Chiapas”. Habían muerto, oficialmente, diecinueve soldados, veinticuatro policías y ciento cincuenta guerrilleros, más un número no determinado de civiles, aunque otros cálculos arrojaban cifras más altas, superiores a quinientos, como las dadas a conocer por la diócesis de San Cristóbal.
