La Secretaría de la Defensa Nacional (Defensa) dio a conocer las ubicaciones y características de ocho estaciones y paraderos del tren AIFA-Pachuca, de las cuales cuatro están en Hidalgo, de acuerdo con los planos en poder de MILENIO.

En todos los casos la dependencia federal señala que las propuestas están sujetas a cambios, pues una vez que el consorcio ganador entregue la flotilla de trenes y el plan operativo, se deberá ratificar o rectificar las necesidades para la estación.
De acuerdo con los planos, en el estado de Hidalgo se encuentran dos estaciones: Pachuca y Tizayuca-Temascalapa, así como tres paraderos: Jagüey Téllez, Platha y Huitzila.
En el Estado de México está la estación ampliación Xaltocan, y los paraderos Xolox y Empalme del Rey.

- Estación Pachuca
Estará en un predio ubicado en la intersección del bulevar Colosio con Río de las Avenidas, en las inmediaciones del distribuidor del Trébol-La Paz, en la zona limítrofe de Mineral de la Reforma con la capital del estado.
La estación estará cerca de zonas urbanas como San Javier y PRI Chacón, así como de la carretera Pachuca-Ciudad Sahagún y el bulevar Everardo Márquez
- Paradero Jagüey Téllez
El plano de localización señala que el paradero Jagüey Téllez estará sobre el camino a Téllez, en las inmediaciones de Zempoala y toma como referencia el Colegio de Bachilleres del Estado de Hidalgo (Cobaeh) que se encuentra en la zona, así como la antigua estación Téllez, ferrocarril central y Residencial los Viñedos.
- Paradero Platah
Además, el paradero Platah se ubicará en Villa de Tezontepec, sobre la carretera a Tolcayuca y como referencia se encuentra el parque industrial Platah, Cedis Mercado Libre, La Laguna y Huaquiluca, además del ArcoNorte.
- Paradero Empalme del Rey
El paradero Empalme del Rey estará en Temascalapa, Estado de México, muy cerca de Tizayuca. Como referencia se encuentra la antigua estación de ferrocarril El Rey, centro de presa del Rey, La Cruz y Mogotes.
- Estación Tizayuca-Temascalapa
La estación Tizayuca Temascalapa estará sobre la vía Otumba-Tizayuca y los planos dan como referencia Cemex Tizayuca, Agroquímica Tridente, Grupo Gasolinero TH, así como Sociedad Cooperativa Trabajadores de Pascual Boing.
El área administrativa de la estación está integrada por taquilla, seguridad, jefe de estación, sala de juntas, comedor y planta de emergencia. En tanto, el espacio público está formado por lobby, módulo de información, vestíbulo principal, sala de espera, paquetería y mensajería, lactancia, taxis, primeros auxilios, cuatro locales, objetos perdidos, sanitarios, plaza cívica, juegos infantiles, bici estacionamiento y estacionamiento público.
- Paradero Huitzila
El paradero Huitzila se encontrará en la comunidad del mismo nombre en Tizayuca, sobre la avenida 16 de enero de 1869 y toma como referencia el Cobaeh de dicha localidad y el rancho Casebeya.
- Paradero Xoloc
Mientras que el paradero Xoloc estará en Tecámac, Estado de México y como referencia se encuentra Buenavista, Los Reyes Acozac, San Lucas Xoloc, Barrio de Guadalupe, colonia la Soledad y la Palma.
- Estación Ampliación Xaltocán
La estación ampliación Xaltocán se ubicará en Mextlalpan, Estado de México, en las inmediaciones del Circuito exterior mexiquense y toma como referencia la glorieta del Aeropuerto Internacional Felipe Ángeles (AIFA), camino libre a Tonanitla y exhacienda Santa Inés.