Luego de una larga espera de 10 años y dos meses en la Liga de Ascenso, León regresó a la Primera División del futbol mexicano en el Torneo Apertura 2012 en busca de la permanencia bajo la dirección de Gustavo Matosas.
Tan solo un año pasó para que el proyecto esmeralda comenzara a rendir frutos. El Torneo Apertura 2013, significó el resurgir para León, el golpe de autoridad que se espera con los equipos que vienen del Ascenso y esperan mantenerse en el máximo circuito.
En ese torneo, aún con Gustavo Matosas en el banquillo, León clasificó a la Liguilla como tercero en la tabla general, con 30 puntos totales.
En Cuartos de Final, León derrotó a Morelia (7-3 global) y en Semifinales eliminó a Santos (5-3 global) para finalmente medirse ante el líder general, América en busca del título.
En la Final de ida León impuso la localía y derrotó 2-0 al América, sin embargo cualquier cosa podía pasar en el Estadio Azteca, aunque la situación no cambio. Manteniendo su buena racha goleadora, los jugadores de Guanajuato derrotaron con autoridad por 3-1 (5-1 global) para coronarse por sexta ocasión en el Coloso de Santa Úrsula.
Con ello León demostró que regresó para quedarse. Más tarde, consagró el campeonato al vencer a Pachuca en el Clausura 2014.
FCM
